一、主要職責任務:
中型水利及以下水庫樞組工程，河道整治工程，灌溉排澇工程、引調水工程、城市防洪工程、水土保持等工程設計;工程勒察專業類巖土工程(勘察、設計、測試、監測、檢測)勞務類巖土工程治理、工程鉆探;電力行業小型變電工程、水電工程設計;丙級限額內平面、高程控制與地形測量、市政測量、水利水電工程測量、管線、橋梁及小型工程測量、變形觀測與形變測量;提供水利、水電等工程咨詢服務，提供水利水電工程造價、經濟評價服務。
二、內設機構:
根據上述職責任務，內設7個職能部門、6個生產部門。
1、綜合部:
辦理設計院的日常事務;協助院領導負責對外聯絡、接待，對各科室工作進行綜合協調;負責內部規章制度建設和實施;起草有關重要文件、報告、總結;督促檢查單位做出的重大決定和有關事項的落實情況;負責會議組織、公文處理、檔案管理、保密等工作;負責勞資和人事管理工作;負責單位的政教宣傳、計劃生育、綜合治理、精神文明建設工作;負責安全生產、車輛管理及后勤服務管理。
2、財務部：
參與制定公司基本財務制度，建立和完善公司財務管理體系，日常財務管理、會計核算工作，公司預算編制，公司和指導下屬公司編制月度、年度財務決算工作，匯總財務決算分析上報工作，編制和執行公司年度財務收支預算，并定期提供公司經營狀況財務分析報告，測算、監控、分析集團公司業績考核經濟指標；核算、審核、分析內各下屬分公司業績考核經濟指標；配合公司項目竣工決算。依法處理公司所有財務事項，做好資金歸集，配合融資分公司落實財務管理，工作統籌安排調度資金，負責成本核算管理工作，建立成本核算管理體系，公司稅收籌劃工作；做好公司稅收繳納及代扣代繳工作；公司的資產管理、債權債務的管理工作，參與企業的各項投資管理，會計憑證、報表、資料等會計檔案管理及歸檔工作，對公司內部資金使用情況進行監管，按照部門職責，指導、督促分公司相關工作，職責范圍內各項規章制度建立、完善和落實。
3、生產經營部:
負責勘察設計資質管理、業務管理、技術管理、設計經營管理和計劃統計管理;負責主持和管理工程設計項目全過程中的組織協調工作，在工程范圍內代表本院對外處理與工程有關的業務工作;確定工程綜合性及總體性方案，指導所(隊)編制工作進度控制計劃，并及時檢查督促按計劃開展設計;確定項目負責人，對勘察設計工作的工序管理進行業務指導;負責組織編制并下達設計任務書。負責優秀科技成果、優秀勘察設計的申報工作。
4、技術質量部：
負責勘測、設計、總承包業務、咨詢服務的技術主管部門，有權開展各項技術質量任務下達、成果審核、審定和技術管理等工作，有權對勘察、設計、總承包業務、咨詢服務進度、計劃進行考核、檢查，對技術方針、目標、各項標準、規范、規程、強制性條文、工作程序、質量記錄有督促、檢查權。
5、安全生產部：
以確保企業生產經營活動的安全為根本使命，通過一系列專業管理措施和技術手段，預防和減少各類安全事故的發生，為企業營造安全、穩定的生產環境，保護員工的生命健康和企業的財產不受損失，確保企業能夠持續、健康地發展。
6、信息部:
負責信息系統規劃與建設、信息系統運維與管理、技術支持與服務、數據管理與分析、網絡與通信管理、項目管理與協作、保密制度建設與完善、員工保密培訓與教育、保密監督與檢查、應急響應與事件處理等工作。
7、采購部：
采購部是公司采購活動的執行部門，具體負責和組織采購活動。主要職責：起草采購管理辦法；組建合格供應商庫；組建公司內部專家庫；審核、匯總采購計劃；審核采購文件；組織采購活動；公布中選供應商；整理采購文件歸檔。
8、設計部:
嚴格遵循基本建設程序，在法律法規和技術規范約定的范圍內開展設計工作;負責工程設計項目所用技術標準、規程、規范、規定有效，引用相關條款正確;負責收集、整理、分析設計過程中的相關數據;嚴格設計過程控制，抓好中間產品的質量檢查;重視設計基礎資料和方案設計，加強工程經濟觀念，把技術和經濟密切結合起來，執行政策、堅持原則;合理使用新技術、新材料;協助總工辦做好設計成果會審，施工圖設計交底和現場施工服務，參加工程驗收設計回訪總結，收集質量信息;協助檔案室進行相關科技檔案的收集、鑒定工作。
9、勘察測繪部:
嚴格遵循基本建設程序，在法律法規和技術規范約定的范圍內開展勘察工作；負責工程勘察項目所用技術標準、規程、規范、規定有效，引用相關條款正確；嚴格勘察過程控制，抓好中間產品的質量檢查；主動學習，正確使用新技術、新設備；在工程勘測過程中，重視基礎資料，讀數、記錄準確，執行國家測繪法規，堅持原則。搞好安全生產，加強安全教育；協助檔案室進行相關科技檔案的收集、鑒定工作。
10、生態環境部:
嚴格遵循基本建設程序，在法律法規和技術規范約定的范圍內開展水土保持設計工作;負責工程設計項目所用技術標準、規程、規范、規定有效，引用相關條款正確;負責收集、整理、分析設計過程中的相關數據，組織編制水土保特工作方案;在水土保持方案的編制過程中，重視設計基礎資料和方案設計，加強工程經濟觀念，合理使用新技術、新材料，把技術和經濟密初結合起來，執行政策、堅持原則；協助總工辦做好設計成果會審，施工圖設計交底和現場施工服務，參加工程驗收設計回訪總結，收集質量信息等。嚴格設計過程控制，抓好中間產品的質量檢查。
11、總承包事業部：
近年來，隨著業主需求變化，以及水利設計院不斷的發展和同行業競爭的白熱化，總承包建設模式應運而生。通過充分的調研分析，結合設計院專業技術人員的優勢，2020年我公司在各地州設計院率先涉足工程項目總承包領域，從設計型企業向綜合型企業發展的戰略轉變。2023年公司全面完成轉企改制正式更名為總承包事業部，現擁有專業人才隊伍26人（其中高級工程師6人，工程師13人，助理工程師5人，技術員2人）。經四年多的演變發展，總承包業務已涵蓋水利樞紐、高標準農田、生態環境等領域，其中2022年8月，托里縣金塔區供水工程和那仁蘇供水工程設計采購施工（EPC）總承包項目通過了完工驗收并交付使用，標志著公司承攬的第一批總承包項目順利完成。為公司的人才隊伍建設、總承包建設模式的探索、總承包管理經驗的提升和經營收入等方面做出了突出貢獻，所承擔的總承包項目也得到了當地政府及行業部門的一致認可。
12、施工分公司：
全面履行施工業務和拓展施工項目的核心部門。主要負責公司水利工程的施工建設，對公司施工項目實施過程中的質量、進度、造價、環境和安全管理執行情況進行全程管控，并及時處理項目經理提出的安全、質量、造價、進度以及技術和管理方面的重大事項，以確保項目目標安全、高效的完成。配合公司職能部門對施工項目進行開發、策劃、招投標、合同簽訂、項目審批、資金收支管理等任務。
13、烏魯木齊分公司：
